'자회사 임대' 꼼수 막혔다… 감면받은 취득세 수십억 추징 비상

기업이 지방세 감면 혜택을 받아 취득한 부동산을 자회사나 계열사에 임대했다가 감면받은 세금을 도로 토해내는 사례가 잇따르고 있다. 현행법상 세제 감면 부동산의 '직접 사용' 의무 조항을 엄격하게 적용하는 과세당국과 법원의 판단이 이어지면서, 기업들의 부동산 자산 관리 및 구조개편 전략에 비상이 걸렸다.

■ '직접 사용' 조항에 발목… 계열사 임대도 엄격한 추징 대상
지방세특례제한법상 기업부설연구소나 산업단지 내 공장 용지 등 정책적 목적에 따라 취득세 감면 혜택을 받은 부동산에 대해 과세당국의 추징 칼날이 날카로워지고 있다. 취득 후 일정 기간 내에 해당 부동산을 직접 지정된 용도로 사용하지 않거나 자회사·관계사에 임대할 경우, 과세당국은 이를 '유예기간 내 타 용도 사용'으로 규정해 취득세 및 농어촌특별세를 전액 추징하는 추세다. 실제로 감면율 50%에서 최대 100%에 달하는 세제 혜택을 적용받아 부동산을 확보한 기업들이 뒤늦게 수억 원에서 수십억 원대의 세금 폭탄을 맞고 있다.

■ 법원 '자회사도 별도 법인격'… 100% 지분 보유해도 예외 없어
사법부 역시 과세당국의 손을 들어주고 있다. 모회사가 지분 100%를 소유한 완전 자회사라 할지라도 법인격이 엄연히 독립되어 있는 이상 '모회사의 직접 사용'으로 볼 수 없다는 원칙을 고수하고 있어서다. 부동산을 임차한 자회사가 모회사의 연구개발(R&D) 업무를 공동 수행하거나 밀접한 협력 관계에 있더라도, 임대차 계약을 체결하고 공간 점유권을 넘겨받은 이상 본래의 지정 목적에 부합하지 않는다고 판단한다. 이에 따라 의무사용 기간(3~5년) 내 임대차 행위는 조세 감면 취지에 위배되어 가산세까지 가산된 중과세로 귀결되는 실정이다.

■ 기업 구조개편·부동산 재배치 비상… 세무 컨설팅 강화 절실
이 같은 법원 판결과 행정심판 결과는 사옥 이전, 연구소 확장, 자회사 분사 등을 추진하는 기업들에게 상당한 경각심을 주고 있다. 사업 효율화를 위한 계열사 간 공간 재배치나 분사 과정에서 부동산 점유 형태를 신중히 검토하지 않을 경우 방대한 세무 리스크를 안게 된다. 세무 전문가들은 감면 혜택을 적용받은 자산에 대해 최소 3년 이상 직접 점유 및 지정 목적 사용을 완수해야 하며, 자회사 배치가 필수적인 경우에는 현물출자나 법인 간 정식 매매 등 대체 거래 구조를 사전에 설계해야 한다고 강조한다.