최근 기업이 보유한 부동산을 자회사에 임대했다가 지방세 특례 제한법상 감면받았던 취득세를 전액 추징당하는 사례가 잇따라 발생하면서 법인 부동산 세무 관리에 비상이 걸렸다. 정부의 세법 엄격 적용 기조 속에 현행법상 부동산 취득 후 일정 기간 직접 사용하지 않고 계열사에 임대할 경우 세제 혜택이 회수될 수 있어 기업들의 각별한 주의가 요구된다.

■ '직접 사용' 미준수에 덜미… 자회사 임대도 세법상 '제3자 제공'
지방세특례제한법에 따르면 기업이 특정 목적이나 산업단지 입주 등을 이유로 취득한 부동산은 일정 기간 해당 법인이 직접 지정된 용도로 사용해야 세제 혜택이 유지된다. 그러나 최근 과세 당국은 지분 100%를 소유한 완전 자회사라 할지라도 법인격이 엄연히 다르다는 점을 들어, 자회사에 해당 부동산을 임대하거나 점유하게 한 행위를 '부동산의 타인 사용'으로 판단하고 감면했던 취득세 및 농어촌특별세 추징 처분을 내리고 있다.

■ '정당한 사유' 엄격 판단… 사법부도 과세당국 손 들어줘
기업 측은 그룹 차원의 사업 연계성과 경영 효율성을 들어 과세 처분의 부당함을 주장하며 불복 절차를 밟고 있으나, 최근 조세심판원과 사법부의 입장은 단호하다. 법원은 지방세 감면 제도의 취지가 해당 법인의 직접 투자와 고용 창출에 있는 만큼, 계열사나 자회사라 하더라도 법적 별개 주체인 이상 유상·무상 임대 모두 직접 사용으로 볼 수 없다는 엄격한 해석을 고수하고 있다.

■ 법인 부동산 세무 리스크 급증… 사전 법률 검토 필수
세무 전문가들은 기업들이 사업 구조 개편이나 계열사 간 공간 재배치 과정에서 세법상 감면 요건 준수 여부를 사전에 신중히 검토해야 한다고 지적한다. 감면받은 본세에 더해 무신고 및 납부지연 가산세까지 추가 부담해야 하므로 과세 시 막대한 재정적 타격이 불가피하기 때문이다. 이에 따라 법인 소유 자산의 유휴 공간 임대나 사업 목적 변경 시 세무·법률 사전 검증 절차가 기업 자산 관리의 필수 항목으로 부상하고 있다.

■ 공실뉴스 시장전망 & 체크포인트

과세 당국의 법인 자산 엄격 과세 기조가 지속됨에 따라 계열사 간 부동산 활용에 대한 세무 조사는 더욱 강화될 전망입니다. 기업 및 부동산 투자 법인은 보유 부동산의 감면 유무와 의무 사용 기간(보통 3~5년)을 재점검하고, 자회사 입주 시 단순 임대차 계약 대신 세법상 인정 가능한 사업 재구조화 방안이나 공동 사용 요건 충족 여부를 전문 세무사와 사전 협의해야 합니다.