정부의 권유를 믿고 의무 임대기간을 성실히 이행한 등록임대사업자들이 혜택 종료 후 거센 '종부세 폭탄'에 직면하고 있다. 제도 도입 당시 제공되었던 종합부동산세 합산배제 등 세제 혜택이 임대기간 만료와 동시에 소멸하면서, 다주택자 중과세율이 그대로 적용돼 세부담이 수배 이상 폭등하는 기현상이 벌어지고 있다.

■ 8년 임대 마치자 세금 수천만원… '종부세 합산배제' 종료 후폭풍
민간임대주택에 관한 특별법에 따라 8년 이상 의무 임대 기간을 완주한 장기일반민간임대주택의 자동 등록말소가 본격화되면서 임대사업자들의 보유세 부담이 급증하고 있다. 임대 유지 기간 동안에는 종합부동산세 합산배제 혜택을 받아이 과세표준에서 제외됐으나, 등록이 말소된 이후부터는 일반 다주택자로 분류돼 보유 주택 전체에 대한 합산 과세가 적용된다. 이로 인해 일부 임대사업자의 경우 종부세 산정액이 종전 대비 최대 수천만원 이상 뛰어오르는 등 자산 운용에 심각한 차질을 빚고 있는 것으로 집계됐다.

■ 매도하고 싶어도 '세입자 갱신권'에 발묶여… 외통수 몰린 임대인
세제 변경에 따른 부작용을 피하기 위해 임대주택을 매각하려 해도 현장 여건은 녹록지 않다. 임대차 3법에 따른 계약갱신청구권으로 인해 기존 임차인의 거주 기간이 남아있는 경우 실거주 목적의 매수자를 찾기 어려워 매매가 사실상 불가능하기 때문이다. 결과적으로 임대사업자들은 등록말소 후 양도소득세 중과 배제 혜택이 제공되는 유예기간 내에 주택을 처분하지 못하고, 매년 과도한 종부세 및 재산세를 그대로 감당해야 하는 외통수에 몰리는 실정이다.

■ 말소 시점과 양도 순서가 핵심… 세무 컨설팅을 통한 과세 리스크 방어
부동산 세무 전문가들은 등록임대주택의 말소 이후 과세 체계가 매우 복잡하게 얽혀 있어 사전 대비가 필수적이라고 조언한다. 등록말소 후 양도소득세 중과 배제 적용 기간을 정확히 확인하고, 보유 주택 간 양도 순서를 최적화하는 전략이 필요하다. 세제 개편 논의와 별개로 현행법상 부담해야 하는 세액을 정밀 추산해 자진 말소 여부와 매각 타이밍을 정하지 않을 경우, 보유세 지출이 임대 수익을 크게 초과하는 '역마진 과세' 구조를 피하기 어렵다는 지적이다.

■ 공실뉴스 시장전망 & 체크포인트

향후 등록임대주택에 대한 세제 보완 입법 여부가 불투명한 만큼, 임대사업자들의 세부담 경감을 위한 개별 자산 재조정이 시급할 것으로 전망된다. 임대인과 투자자는 등록말소 예정일 및 양도세 중과 배제 유예 시점을 사전에 파악하여 매각 우선순위를 설정해야 하며, 신규 임대차 계약 체결 시 임차인의 퇴거 시점과 매도 일정 간 인과관계를 철저히 매칭하는 특약을 마련할 필요가 있다.